ア・・・誤り
行政庁は、申請がその事務所に到達したときは遅滞なく当該申請の審査を開始しなければならず、かつ、申請書の記載事項に不備がないこと、申請書に必要な書類が添付されていること、「申請をすることができる期間内にされたものであること」その他の法令に定められた「申請の形式上の要件に適合しない申請」については、速やかに、申請者に対し相当の期間を定めて当該申請の補正を求め、又は当該申請により求められた許認可等を拒否しなければなりません。（行政手続法7条）。

よって、「申請がそれをすることができる期間内にされたものではない場合」とは、「申請の形式上の要件に適合しない申請」にあたるため、行政庁は「拒否」をしなければなりません。

※申請期間は過ぎているので「補正」を求めることはしません。

これは理解が必要な部分なので、理解ポイントについては個別指導で解説します！

イ・・・正しい

アの解説の「行政手続法7条」の内容の通り、
「申請に必要な書類が添付されていない場合」とは、「申請の形式上の要件に適合しない申請」にあたるため、行政庁は「拒否」をしなければなりません。

よって、本肢は正しいです。

ウ・・・誤り
行政手続法には、許認可を列挙した条文はありません。
したがって、「許認可等の申請を拒否する処分を行おうとするときは、予めその旨を申請者に対し通知し、当該申請者に弁明書の提出による意見陳述の機会を与えなければならない」という規定もないので誤りです。

エ・・・正しい
「申請の取下げ」又は「内容の変更を求める行政指導」にあっては、行政指導に携わる者は、申請者が当該行政指導に従う意思がない旨を表明したにもかかわらず当該行政指導を継続すること等により当該申請者の権利の行使を妨げるようなことをしてはなりません（行政手続法33条）。つまり、「当該申請者の権利の行使を妨げるもの」は違法ですが、「当該申請者の権利の行使を妨げるものでない」ならば、それは、直ちに違法とはなりません。

よって、本肢は正しいです。

オ・・・誤り

標準処理期間を過ぎても処分がされない場合どうなるか？については、行政手続法に規定されていません。

処理期間については、下記条文があります。