１・・・妥当
地方公共団体の機関がする

1. 処分（その根拠となる規定が条例又は規則に置かれているものに限る。）
2. 行政指導、
3. 地方公共団体の機関に対する届出（根拠となる規定が条例又は規則に置かれているものに限る。）
4. 地方公共団体の機関が命令等を定める行為

については、行政手続法の規定（申請に対する処分、不利益処分、行政指導、届出、意見公募手続等）は、適用されません（行政手続法3条3項）。
よって、「意見公募手続に関する規定は、地方公共団体による命令等の制定については適用されないこととされている」という部分は妥当です。
ただし、地方公共団体は、上記処分、行政指導及び届出並びに命令等を定める行為に関する手続について、この法律の規定の趣旨にのっとり、行政運営における公正の確保と透明性の向上を図るため必要な措置を講ずるよう努めなければなりません（努力義務）（行政手続法46条）。
よって、後半部分も妥当です。

２・・・妥当ではない
命令等制定機関は、意見公募手続を実施して命令等を定めた場合には、当該命令等の公布と同時期に、次に掲げる事項を公示しなければなりません（行政手続法43条）。

1. 命令等の題名
2. 命令等の案の公示の日
3. 提出意見（提出意見がなかった場合にあっては、その旨）
4. 提出意見を考慮した結果（意見公募手続を実施した命令等の案と定めた命令等との差異を含む。）及びその理由

上記3号の内容から、「提出意見がなかった場合にあっては、提出意見がなかった旨」を公示しなければなりません。
よって、本肢は妥当ではありません。

３・・・妥当ではない
命令等制定機関は、命令等を定めようとする場合には、当該「命令等の案」及び「これに関連する資料」をあらかじめ公示し、「意見の提出先」及び「意見の提出のための期間（意見提出期間）」を定めて広く一般の意見を求めなければなりません（行政手続法39条）。
本肢のように、「命令等について、特別の利害関係を有する者に対しては、意見の提出を個別に求めなければならない」というルールはないので、妥当ではありません。

４・・・妥当ではない
命令等制定機関は、意見公募手続を実施して命令等を定める場合には、意見提出期間内に当該命令等制定機関に対し提出された当該命令等の案についての意見を十分に考慮しなければなりません（行政手続法42条）。
しかし、本肢のように「考慮されなかった意見については、その理由が意見の提出者に個別に通知される」というルールはないので妥当ではありません。

５・・・妥当ではない
「命令等」とは、内閣又は行政機関が定める次に掲げるものをいいます（行政手続法2条8号）。

• 法律に基づく命令又は規則
• 審査基準
• 処分基準
• 行政指導指針

よって、「行政指導に関する指針は含まれない」は妥当ではありません。