ア・・・妥当である

行政指導とは、行政機関が特定の者に対して、法律上の義務ではないけれども、一定の作為（やること）や不作為（やらないこと）を求める行為のことです。これは「処分」ではなく、任意の協力を求める形式になります（行政手続法2条6号）。

そして、行政指導が行われる場合、相手方に対して次のような情報をきちんと伝える義務があります。

①誰がその行政指導の責任者であるか（行政手続法35条1項）

②さらに、行政指導の場面で、行政機関が「許可しないこともあるよ」などと、自らの権限をちらつかせるような場合（＝許認可等を行使し得る旨を示すとき）は、ただ漠然とそう言うのではなく、「何という法律の、どの条文に基づいてその権限があるのか」という根拠を相手にきちんと示さなければなりません。（行政手続法35条2項）

つまり、「言うことを聞かないと許可しないかもよ？」というような態度を取る場合には、法的な裏付けを明確にする必要があるということです。

イ・・・妥当でない

結論からいうと、本肢は「法律で定められている場合に限り適用される」と述べていますが、行政指導については、法律に根拠があっても、地方公共団体の機関が行う場合は行政手続法の規定が適用されません。

よって、本肢は、誤り（妥当でない） です。

行政手続法は、行政の公正さ・透明性の確保を目的とし、国の行政機関を主な対象としていますが、地方公共団体の機関にも一部適用される場合があります。ただし、すべての行為に適用されるわけではありません。

行政手続法第3条第3項では、以下の場合、行政手続法（第2章～第6章）は適用されない、としています。

ウ・・・妥当である

上記を整理すると下表の通りです。
本肢は、この内容を説明しているため、妥当である（正しい）です。

エ・・・妥当でない

結論から言うと、意見公募手続の対象である命令等には、審査基準や処分基準など、処分をするかどうかを判断するための基準だけでなく、行政指導に関する指針も含まれるので誤り（妥当ではない）です。

意見公募手続（いわゆるパブリックコメント制度）は、「命令等」を定めようとする場合に、あらかじめ案を公表し、広く国民から意見を募る制度です。

つまり、行政が審査基準・処分基準・行政指導指針などを定めるときも、原則として意見公募手続を行わなければならないということになります。